Edifício e Coleções
A segunda metade de seiscentos é marcada por um período de crescimento do edifício e de renovação artística associado à beatificação da Princesa. A comunidade investe fortemente no embelezamento dos espaços de acordo com a nova estética barroca. O coro de baixo é redecorado a fim de receber o novo túmulo da Beata Joana. A igreja é forrada a talha dourada, pintura e azulejo, sendo a capela-mor dedicada à memória da Princesa. O espaço da antiga Sala de Lavor, onde faleceu a Princesa, é transformado em capela. Também o coro de cima é alvo de atualização estética destacando-se o espaldar do cadeiral decorado com chinoiserie.
Apesar destas transformações o edifício continuava a ser um aglomerado desordenado de construções. Será a construção de um pano de fachada, em 1751, que irá finalmente conferir a unidade e a aparência palaciana à construção que hoje se conhece.
Após a extinção desta casa em 1874, o edifício viria a ser alvo de numerosas remodelações tendo em vista a sua adaptação, primeiro a colégio e, em 1912, a museu.
Em 2009, com a obra de requalificação do Museu, com projeto de Alcino Soutinho, fica definida a atual arquitetura do edifício, sendo de realçar a construção de um novo corpo destinado a albergar uma sala de exposições temporárias.
O acervo do museu é, em grande parte, constituído por objetos provenientes do Convento de Jesus de Aveiro. A este núcleo juntam-se bens provenientes de outros conventos extintos e igrejas, de Aveiro, Coimbra e Lisboa e um reduzido número de doações, sendo de destacar a coleção de arte oriental doada pelo Coronel Médico Nascimento Leitão.
As coleções são muito diversas, abarcando pintura, escultura, talha, têxteis, cerâmica, azulejo, ourivesaria, mobiliário, gravura, vidro, metais, arqueologia e espólio bibliográfico, do século XV ao século XIX, com especial relevância para o período barroco.